Südlich an die Kirche und die Veitskapelle schließt sich der ehemalige Kreuzgang an. Hier finden sich neben Epitaphien ehemaliger Äbte Schautafeln und Vitrinen mit der Darstellung des Ordenslebens und den besonderen Aufgaben der Prämonstratenser von Schlägl. Der Weg führt weiter in die romanische Krypta mit einem achteckigen Mittelpfeiler, der von einem derben, unsymmetrischen Knospenkapitell gekrönt wird. In den Ecken finden sich Konsolen, die vermutlich die Symbole der Evangelisten darstellen. Durch einen Rundbogen gelangt man in die gotische Krypta mit gotischem Schüttgewölbe. Eine 1988/89 freigelegte Turmkapelle aus der Zeit um 1410 zeigt ein einzigartiges Beispiel gotischer Scheinarchitektur.

Die Gemäldegalerie - der Raum entstand 1898 - beherbergt eine Auswahl der über 500 Gemälde des Stiftes. Besonders beachtenswert sind die gotischen Altäre und Bildtafeln, u. a. das "Brixener Altärchen" von 1484, die "Madonna auf der Rasenbank" um 1500 und die "Madonna im Ährenkleid" von 1425. Daneben finden sich Bilder mit religiösen Motiven, Landschaftsbilder und Stillleben aus der Zeit vom 17. Jahrhundert bis um etwa 1900.

Die Porträtgalerie umfasst nicht nur Porträts ehemaliger Klostervorsteher, sondern auch der Mitglieder des Konventes ab 1801.  Begründer dieser Galerie war Abt Wilfhelm Waldbauer (+ 1816). Die Sammlung umfasst mehr als 200  Bilder. Die Porträts der Mitbrüder werden erst nach deren Tod in der Galerie aufgehängt.

Die neubarocke Bibliothek wurde im Jahre 1852 vollendet. Die Einrichtung stammt vom Stiftstischler Anton Simmel und die Deckengemälde sind nach Vorlage von August Palme entstanden. Die Bibliothek umfasst eine Sammlung von ca. 60.000 Büchern aus allen Wissensbereichen. Von den etwa 240 Handschriften und 190 Inkunabeln sind einige besonders schöne Exemplare in der Bibliothek ausgestellt.

Im ehemaligen Kapitelsaal aus dem 17. Jahrhundert ist eine Sammlung von Skulpturen und Entwürfen des aus Südtirol stammenden Stiftsbildhauers Johann Worath zu sehen. Er wirke von 1640 -1680 in Schlägl und arbeitete für das Stift und für die Stiftspfarren. Arbeiten von ihm finden sich auch in Böhmen (u. a. in Friedberg, Krumau und Prachatitz). Sein Meisterwerk ist die Pieta, die etwa 1642 entstanden sein dürfte.
Zurzeit findet sich hier auch eine Auswahl von Gläsern, die in den Glashütten im Herrschaftsgebiet des Stiftes Schlägl in der Zeit von ca.  1500 bis  ca. 1900 entstanden sind.
Seit Ende April ist hier auch das schmiedeeiserne Uhrwerk der Stiftsturmuhr aufgestellt, das um die Zeit 1710 entstanden ist und das das Wappen des Abtes Siard Worath, eines Sohnes des Bildhauers Johann Worath, trägt.

In der Prälatensakristei mit der Einrichtung aus der Zeit um 1650 sind neben alten wertvollen Messgewändern auch Abtstäbe, Kelche und andere liturgische Geräte ausgestellt. Besondere Beachtung verdienen ein gotischer Abtstab mit der Darstellung der Gottesmutter aus der Zeit um 1490, vermutlich in Passau entstand die Perlenkasel aus der Zeit um 1570 (gekreuzigter Christus in reliefartiger Flussperlenstickerei); der Doxaner Ornat mit reicher Blumenstickerei (Böhmen 1748); der Weihnachtsornat mit reichen Goldstickereien und Nadelmalereien nach Vorlagen von August Palme, fertig gestellt 1877 bei der Wiener Firma J. Zambach; ein Elfenbeinkreuz , reich mit Perlen, Gold und Edelsteinen besetzt aus der Zeit um 1652; ein Ziborium mit Szenen aus dem Leben Jesu in Emaille-Arbeit und mit Edelsteinen umrahmt von 1654; die Strahlenmonstranz der Pfarre Aigen aus der Zeit um 1690, vergoldet und reich mit Steinen besetzt.